Drammatico lo scontro testa-coda dell'ultima giornata in cui i biancazzurri affrontano la Vis Pesaro guidata da Marco Nappi in lotta per la promozione in C1 e che alla fine ha la meglio col risultato di 3-2. Nel 1987 subentra alla guida della società una nuova compagine formata da alcuni imprenditori materani che nominano come presidente Franco Selvaggi 1, campione del Mondo nel 1982 con la Nazionale di Enzo Bearzot 2; nel 1987/88 il Football Club Matera giunge settimo nel girone L dell'Interregionale ma a fine stagione viene escluso dal Campionato per inadempienze finanziarie (due rate di un mutuo federale versate in ritardo) ed iscritto dalla Federazione al campionato di Promozione lucana. In conseguenza di ciò i soci del F.C. Matera decidono dieffettuare una fusione societaria con l'altra compagine materana, il Pro Matera, promossa quello stesso anno nell'Interregionale ed alla quale viene trasferito l'intero parco giocatori del F.C. Matera. La nuova società è denominata Pro Matera Sport, e l'anno successivo assumerà la denominazione di Matera Sport. Nella stagione 1988/89 quindi il vecchio F.C. Matera, rimasto solo sulla carta, non si presenta in campo per quattro volte venendo così escluso dal campionato di Promozione, mentre la nuova squadra nata dalla fusione, dopo un lungo testa a testa con l'Altamura, arriva al secondo posto nel campionato Interregionale e perde di un soffio la promozione in C2, che tuttavia arriverà due anni più tardi. Nel frattempo diventa nuovo presidente l'imprenditore Mario Salerno, cugino dell'ex presidente; con il nuovo assetto societario e con Marcello Pasquino allenatore, il Matera vince il suo girone nella stagione 1990/91 e poi gli spareggi con la vincente del girone siciliano, il Gangi, tornando così in Serie C2. La formazione vincente ha Ristic capocannoniere con 23 reti.
In quell'anno i biancazzurri vincono anche il Trofeo Jacinto, torneo precursore dell'attuale Scudetto Dilettanti (istituito a partire dal 1992) giocato tra le vincitrici dei gironi dell'Interregionale; battendo in finale a Bovalino l'Aosta per 1-0, il Matera diventa quindi campione d'Italia Interregionale. Nel 1992/1993 il Matera termina il campionato di Serie C2 al terzo posto e viene ripescato in C1, dove torna dopo 12 anni nella stagione1993/94. La società, nell'estate del 1993, riesce a piazzare colpi importanti ingaggiando elementi di valore tra cui spicca Luigi De Rosa, proveniente dal Cosenza in Serie B. La squadra termina il campionato a centro classifica, con l'imprenditore Giuseppe Scalera presidente, Franco Tafuni direttore generale e Di Benedetto allenatore (colui che aveva portato il Matera in serie B). A fine stagione però, a causa di irregolarità amministrative, il Matera subisce una retrocessione a tavolino in C2. La squadra disputa comunque una stagione ad alto livello, arrivando al secondo posto dietro la Nocerina, ma nella finale play-off disputata a Foggia contro il Savoia allenato da un ex, il materano De Canio, pur partendo con i favori del pronostico, perde per 2-1 e manca il ritorno il C1. Nonostante le vicissitudini societarie che portano al fallimento del Matera Sport ed alla successiva nascita della Polisportiva Matera, nella stagione 1995/96 la squadra biancazzurra disputa un campionato di Serie C2. Con la nuova denominazione disputa un altro buon campionato in C2 prima di essere condannata per la seconda volta in tre anni ad un'altra retrocessione a tavolino, per problemi relativi alla fideiussione bancaria necessaria per l'iscrizione al campionato. La Polisportiva Matera, per protesta contro la retrocessione a tavolino e per difficoltà economiche, disputa il Campionato Nazionale Dilettanti 1997/98 con la formazione juniores, giungendo penultima nel girone H con soli 6 punti all'attivo e davanti al solo Lagonegro. Tuttavia il calcio biancazzurro non è morto del tutto. Infatti nel 1998 dalla fusione tra Atletico Matera e Scanzano nasce l'Associazione Sportiva Materasassi, presieduta dall'avvocato Vitantonio Ripoli, che acquisisce il diritto a partecipare al torneo regionale di Eccellenza. Nel campionato di Eccellenza Lucana 1998/99 si assiste dunque a un derby tra Materasassi e Polisportiva Matera (che nel frattempo cambia denominazione diverse volte) e nella città dei Sassi torna a disputarsi una stracittadina quarantacinque anni dopo le sfide tra Libertas e Matera Calcio; il bilancio dei derby vede le vittorie del Materasassi per 1-0 e 5-2 nel campionato 1998/99, e nel successivo ancora una vittoria del Materasassi per 3-0 ed un pareggio per 2-2. Nel 1999/2000 il Materasassi, che nella precedente stagione disputata a livello regionale era arrivato al terzo posto conquistando la Coppa Italia di Basilicata, vince il campionato di Eccellenza e permette al calcio materano di tornare in una categoria interregionale dopo due anni. Nella stessa stagione la Polisportiva Matera, diventata Matera Promos Consult, disputa un buon campionato giungendo al terzo posto e vincendo la Coppa Italia di Eccellenza conquistata dai cugini l'anno precedente. Nel campionato di Serie D 2000/2001 il Materasassi viene inserito nel girone I e a fine stagione si piazza all'undicesimo posto.
La vecchia Polisportiva intanto, dopo un campionato di Eccellenza anonimo, assume la denominazione di Gaetano Scirea, denominazione con la quale disputerà il suo ultimo campionato prima della definitiva radiazione. La stagione successiva il conte Pier Francesco Vannutelli diventa azionista di maggioranza del Materasassi che allestisce una formazione ambiziosa, forte di un nuovo sponsor: la Compagnia Italiana Turismo 3.
I biancazzurri sin dalle prime giornate sono tra i protagonisti del girone H della Serie D e dopo un testa a testa entusiasmante con il Brindisi, il Rutigliano e il Grottaglie, la formazione allenata da Chiappini giunge al quarto posto davanti alle altre tre lucane Potenza, Melfi e Pisticci. Nell'estate del 2002 la città è in fermento dopo il ritorno alla denominazione originale di Football Club Matera e per l'entrata in società dell'imprenditore leader dei salottifici Nicoletti. Vengono confermati alcuni calciatori della stagione precedente come Andrés Garrone, Domenico Galeano e Marco Neroni, ed arrivano a Matera calciatori che rappresentano un vero lusso per la Serie D come Vittorio Insanguine, Dario Di Giannatale, Mario Donadoni, Mario Brandani e altri, tutti o quasi con esperienze in Serie B e Serie C1. Dopo un avvio promettente però il Matera scivola ripetutamente su avversari non irresistibili e lo 0-2 interno contro il Trani spinge i supporters biancazzurri all'invasione di campo per protestare contro le prestazioni negative dei giocatori. Nonostante la squalifica del campo, con l'esonero dell'allenatore Magrini e l'assunzione del nuovo tecnico Beppe Galluzzo si riesce a dare uno scossone all'ambiente e la squadra mantiene perlomeno il secondo posto alle spalle del Melfi, garantendosi l'accesso ai play-off.
I play-off però portano un'altra delusione ai tifosi biancazzurri con l'immediata sconfitta per 1-0 contro il Rutigliano, poi ripescato, e l'effimera vittoria interna per 3-2 con il Manduria (peraltro vanificata dal Giudice Sportivo per un fumogeno lanciato dagli spalti contro un giocatore pugliese). Dopo quel campionato il calcio materano subisce un contraccolpo notevole; a fine campionato Nicoletti abbandona la società ed il Matera rimane in balìa degli eventi, quasi tutti i giocatori lasciano la città dei Sassi e persino l'iscrizione al campionato è fortemente a rischio. Manifestazioni dei tifosi, incontri con le istituzioni e appelli disperati non servono a niente, nessun imprenditore sembra interessato al Matera. Il presidente Ripoli però non si arrende e riesce a garantire l'iscrizione alla Serie D 2003/04 allestendo una squadra dignitosa. Il campionato è durissimo e il Matera lotta con affanno nei bassifondi della classifica. A due giornate dalla fine arriva la vittoria per 3-0 in casa dei rivali del Potenza, una vittoria che bissa il 2-1 dell'andata e che condanna i potentini alla retrocessione, mentre il Matera accede agli spareggi play-out. È però una soddisfazione che dura poco perché nei play-out la Battipagliese batte i biancazzurri con una rete al 90º condannandoli all'amara retrocessione (2-1 a Matera; 0-1 a Battipaglia). L'estate del 2004 è un drammatico susseguirsi di eventi, Ripoli non può farsi carico di un'altra stagione e così dopo sei anni di presidenza lascia la squadra nelle mani del sindaco, il quale riesce a dare alla Lega Nazionale Dilettanti garanzie economiche tali che permettono al Matera di usufruire di un ripescaggio in Serie D.
Nella stagione seguente, a causa della solita mancanza di investitori, sono addirittura i tifosi a garantire vitto e alloggio ai giocatori grazie a delle vere e proprie raccolte spontanee di denaro che proseguono fino all'ingresso in società dei due nuovi soci Barbano e Padula. Nonostante le enormi difficoltà economiche però, nelle stagioni 2004/05 e 2005/06 il Matera riesce in qualche modo a conservare laSerie D grazie ai play-out, battendo nel 2005 la Boys Caivanese (vittorie per 3-0 in trasferta all'andata e per 4-2 al ritorno in casa) e nel 2006 il Nuovo Terzigno (vittorie per 2-1 in casa e 1-0 in trasferta). Nella stagione 2006/07 del campionato di Serie D i biancazzurri, trascinati dal materano Alberto Marsico, illudono inizialmente i tifosi conquistando sette risultati utili consecutivi. Alla fine, però, riescono ad evitare i play-out solo all'ultima giornata, terminando la stagione al dodicesimo posto in classifica. Nel corso della stagione 2007/08 un nuovo gruppo dirigenziale si affaccia alla guida del Matera. La squadra tuttavia deve ricorrere ancora una volta agli spareggi play-out e ottiene la salvezza superando i campani del Quarto sia in casa che in trasferta (5-1 a Matera, 5-4 a Quarto Flegreo). Nell'estate del 2008 la nuova dirigenza lancia una grossa operazione di marketing denominata "Tutti pazzi per il Matera", grazie alla quale si supera la soglia dei 2000 abbonati. Per la stagione 2008/09 viene allestita una formazione ambiziosa. Nonostante ciò, il Matera termina la stagione al settimo posto, non riuscendo così a raggiungere l'obiettivo minimo prefissato dei play-off. Nella stagione 2009/2010 il Matera cerca di riscattare la stagione appena conclusa. La società biancazzurra annuncia il successore di Franco Danza che è Pino Giusto, allenatore proveniente dal Chieti, al quale subentra dopo la ventitreesima giornata Roberto Rizzo. Sono riconfermati cinque elementi della passata stagione, mentre viene rinnovato il parco under, e tra i senior arrivano Achille Mazzoleni, centrocampista con un lungo curriculum nelle categorie professionistiche, ed il difensore Alberto Savino (anche lui con diversi trascorsi in Serie A ed in Serie B), tesserato nel gennaio 2010. Il cammino in campionato non è brillante ed il torneo viene chiuso al nono posto ma i biancazzurri puntano tutto sulla Coppa Italia e conquistano il trofeo tricolore battendo nella doppia finale il Voghera (vittorie per 2-1 a Voghera ed 1-0 a Matera). La vittoria della coppa consente l'accesso ai play-off di Serie D, dove il Matera supera in semifinale il Pomezia perdendo per 1-0 in trasferta e vincendo per 3-0 al ritorno in casa, ed affronta il Pianura nella finale allo Stadio Guido Angelini di Chieti. I materani, pur avendo terminato la stagione regolare con ben 21 punti in meno rispetto alla compagine napoletana, si aggiudicano la finale con un gol segnato in pieno recupero dal giovane attaccante Alessio De Vecchis, garantendosi così il primo posto nella graduatoria dei ripescaggi per la Lega Pro Seconda Divisione; pertanto il 4 agosto 2010 il Consiglio Federale della Federcalcio delibera il ripescaggio in Seconda Divisione del Matera, che torna così in un campionato professionistico dopo 13 anni. Il 2009/2010 è una stagione positiva anche per la squadra Juniores del Matera, che raggiunge la final four nazionale perdendo in semifinale contro i pari età della Virtus Entella, in seguito vincitori del torneo. Per la stagione 2010/2011 sulla panchina del Matera viene chiamato il tecnico Adriano Cadregari, che sostituisce Roberto Rizzo diventato allenatore in seconda del Lecce; inoltre Luigi Dimitri, direttore sportivo nella stagione precedente, è nominato direttore generale. Arrivano a Matera numerosi giovani, che portano così la squadra ad avere un'età media molto bassa. Il campionato si apre con un pareggio interno contro il quotato Latina ed al termine del girone di andata i biancoazzurri si trovano all'ottavo posto in classifica con 21 punti all'attivo, con la salvezza in tasca grazie anche al regolamento che prevede una sola retrocessione.